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 男女生殖道肛门尖锐湿疣的诊断通常不需要病理活检，但在醋酸白试验和临床鉴别比较困难时，则可根据组织病理检查诊断。尖锐湿疣的组织病理学变化主要在表皮，其表现为角化不全，棘层肥厚，上皮角延长、增宽或分支，形成乳头瘤样或假上皮瘤样增生。真皮则表现为血管扩张，管周有不同程度的慢性炎性细胞浸润。特征性变化是颗粒层和棘层中上部出现空泡化细胞。典型的空泡化细胞体积较大，有一大而圆或皱缩的深嗜碱性胞核，可有轻度不规则的改变，核周可见淡染的空泡化区域。

 尖锐湿疣病理诊断可以分为：①肯定诊断：临床表现典型，病理组织学变化也典型。临床表现较典型，有病毒分离，免疫细胞化学或电镜结果支持诊断。临床表现虽然不典型，但特殊检查结果能明确诊断。②基本肯定诊断：临床未诊断尖锐湿疣或诊断其它疾病。病理组织学较典型或具备了尖锐湿疣的基本病理组织学变化，提示临床与病理结合基本肯定诊断。③符合临床诊断：临床表现较典型。病理组织学只有棘层肥厚及空泡化细胞二项基本病变。未见尖锐湿疣以外典型的黏膜或其它疾病，即为病理组织学变化符合临床诊断。④不肯定诊断：临床诊断尖锐湿疣，但病理组织学未见尖锐湿疣及其它疾病的病变。即可报告未见特异性组织学变化，不能确定确诊。⑤否定诊断：临床可疑，病理组织学上未见有尖锐湿疣的基本病变而检查中有其它较典型的皮肤黏膜疾病，可否定尖锐湿疣诊断。